建筑法律法规还不够完善。

我国现行的《建筑法》《招标投标法》《合同法》都没有明确规定工程建设行业保证金收取的种类、比例和返还时间，对被管理者规范得较多，对建设单位规范得较少，对施工单位规范的较多，对行业主管部门规范的较少，这就从源头上给了相关政府主管部门和建设单位随意收取保证金的机会。

滥用工程保证金制度。

许多工程保证金缴纳缺少必要的法律依据。企业注册保证金、安全生产保证金、工期保证金、优质工程保证金等种类没有上位法的支持。投标保证金、履约保证金（中华人民共和国招投标法实施条例、工程建设项目施工招标投标管理办法）、农民工工资保证金（建设领域农民工工资支付管理暂行办法）、工程质量保证金（建设工程质量保证金管理暂行办法）虽然有上位法的支持，但是除了投标保证金有明确规定，其余的都缺乏法律法规的明确规定。

工程保证金设置不够合理。

保证金制度设计没有以建设单位与施工企业权利对等为基础。片面强调施工企业的履约保证，对建设单位提供履约保证要求不高。如民工工资保证金，目的是防止施工企业拖欠民工工资，实际上拖欠民工工资的源头在建设单位，许多时候在于建设单位拖欠施工企业工程款，特别是资金准备不足的房地产工程、政绩形象工程，但是我们对建设单位资金支付保证制度却没有真正建立起来。

工程保证金缴纳缺乏统一标准。

工程建设市场管理部门众多，对施工企业的管理由“条状”变成“网状”管理，“多头管理”和“交叉执法”造成工程保证金制度缺乏规范和统一。一些地方保护和部门利益驱动的“土政策”应运而生，政策不一、标准不同，名目繁多，缴纳额度过高，大多要求以支票现金形式支付，能起同样作用的银行保函却弃而不用。而且各市（县）存在重复缴纳的现象，严重干扰施工企业的正常生产经营活动，制约了建筑行业的健康发展。

工程保证金制度执行有偏差。

根据招投标法规定：投标保证金一般不超过投标总价的2%，但最高不得超过80万元人民币。投标保证金除现金之外，可以使用银行保函、银行汇票、保兑支票等。但实际上招标人都要求施工企业以现金形式缴纳投标保证金，而且超过最高限额80万元的情况也时有发生。还有建筑业拖欠工程款问题一直客观存在，建设单位为了转嫁风险，许多就在工程保证金上做文章。如保证金收取标准从高不从低甚至突破标准、只收支票不收保函等。而且常把投标保证金转为履约保证金、履约保证金转为质量保修金，质量保修金最后以质量问题等等理由给予延迟付款、扣除，甚至不退还，追索十分困难。